裝完料的栽培袋要放入55×44×30公分的鐵筐內，再移入鍋內。滅菌方法多采用常壓滅菌。常壓滅菌時間應從鍋內溫度達到100℃時開始計算，持續6小時以上，再燜鍋2小時。如滅菌期間溫度降到100℃以下，滅菌時間至少要延長2小時以上，以做到徹底滅菌。
接種應嚴格無菌操作，熟練掌握接種技術，接種前用2天要用甲醛對接種箱（室）進行消毒，還應將所用的菌種瓶表面用2%的高錳酸鉀溶液洗滌，所用的接種工具也要消毒才能與菌種一起放入接種箱（室）。對有懷疑的菌種，可先拔掉棉塞聞味，若是清香味，屬合格菌種，若有酒、酸、臭味，則是壞菌種，應該淘汰。接種時要挖去瓶口老菌塊，不要將菌種弄得太碎，菌種太碎萌發緩慢，易遭霉菌感染。一般一瓶二級菌可接三級菌（栽培袋）40-50袋。
